Akademia Pana Kleksa to historia dziesięcioletniego niesfornego Adasia Niezgódki, który rozpoczyna naukę w tytułowej akademii wraz z innymi chłopcami, których imiona zaczynają się na literę A. Opiekę nad nimi sprawuje Pan Kleks- nauczyciel, czarodziej i poszukiwacz przygód wraz z pomocnikiem, Mateuszem - uczonym szpakiem, wypowiadającym jedynie końcówki wyrazów. Pan Kleks nie jest typowym wychowawcą, jego metody pedagogiczne znacznie różnią się od powszechnie stosowanych w szkołach. Pragnie nauczyć chłopców przede wszystkim samodzielnego myślenia.
Nauka w akademii jest przedziwna - Adaś znajduje tajemniczy guzik doktora Paj-Chi-Wo, poznaje tajemniczego fryzjera Filipa Golarza, który chcąc zniszczyć Akademię przysyła do niej fałszywego chłopca - robota.
Dzięki nauce w Akademii Adaś odkrywa swoje talenty, których się nie spodziewał. Wraz z kolegami przeżywa fantastyczne przygody!
